Η ακολουθία παλμών FLAIR αποτελεί ακολουθία Inversion Recovery (IR) κατά την οποία αρχικά, εφαρμόζεται παλμός αναστροφής με σκοπό τη προετοιμασία της διαμήκους μαγνήτισης. Στην ακολουθία παλμών FLAIR χρησιμοποιείται κατάλληλος χρόνος αναστροφής για την επιλεκτική καταστολή του σήματος του εγκεφαλονωτιαίου υγρού (ΕΝΥ). Αρχικά εφαρμόζεται παλμός αναστροφής 180⁰ ο οποίος στρέφει τη διαμήκη μαγνήτιση στον αρνητικό άξονα z. Αμέσως μετά ξεκινάει η ανάκτηση της διαμήκους μαγνήτισης η οποία μηδενίζεται και μετά αυξάνεται στο θετικό άξονα z. Μετά από χρόνο αναστροφής (Time to Inverse, TI) μεταξύ 1800-2500ms (επιλογή ανάλογα με την ένταση του μαγνητικού πεδίου), όπου το σήμα του ΕΝΥ είναι μηδενικό (ή σχεδόν μηδενικό), ακολουθεί ακολουθία παλμών Spin Echo ή FSE.
